Den Vorteilen einer Testamentsvollstreckung stehen auch verschiedene Nachteile gegenüber. Dabei ist zu bedenken, dass der Erblasser selbst die Aufgaben und die Person des Testamentsvollstreckers bestimmen kann.  Dadurch ist eine Anpassung des Amtes des Testamentsvollstreckers an die persönlichen Bedürfnisse möglich.
(1) Einschränkung der Erben
Vor allem bei einer dauerhaften Übertragung der Verwaltung des Nachlasses auf den Testamentsvollstrecker (Dauertestamentsvollstreckung) werden die Rechte des Erben am Nachlass weitreichend eingeschränkt. Er kann z.B. nicht mehr selbst über die Nachlassgegenstände verfügen. Ist der Erbe auch pflichtteilsberechtigt, besteht daher u.U. die Gefahr einer Ausschlagung der Erbschaft und Einforderung des Pflichtteils, um den Einschränkungen einer Testamentsvollstreckung zu entgehen. Die Vorstellungen des Erblassers können auf diese Weise zunichte gemacht werden.
(2) Weitreichende Befugnisse des Testamentsvollstreckers
Das Nachlassvermögen wird durch den Testamentsvollstrecker verwaltet, der z.B. auch Verbindlichkeiten für den Nachlass eingehen kann. Bei Verstößen gegen die Grundsätze einer ordnungsgemäßen Verwaltung haftet der Testamentsvollstrecker zwar auf Schadensersatz, er verfügt aber insgesamt über sehr große Handlungsspielräume. Eine unglückliche Auswahl des Testamentsvollstreckers kann für den Erben daher unter Umständen entscheidende finanzielle Nachteile haben.
(3) Kosten
Die Testamentsvollstreckung geht für den Amtsinhaber nicht nur mit z.T. erheblichem Arbeitsaufwand einher, sondern auch mit dem Haftungsrisiko für Fehlentscheidungen. Gerade bei umfangreichen Nachlässen und Dauertestamentsvollstreckung erhält der Testamentsvollstrecker daher regelmäßig eine Vergütung, die das Nachlassvermögen erheblich belasten kann. Dies gilt vor allem dann, wenn die Testamentsvollstreckung durch einen professionellen Dritten, z.B. einen Rechtsanwalt, wahrgenommen wird.